2015年11月12日國家稅務總局發布《企業所得稅優惠政策事項辦理辦法》的公告，明確對企業所得稅優惠事項全部取消審批，一律實行事后備案管理，并編制《企業所得稅優惠事項備案管理目錄》，從備案時間、備案資料、留存備查資料等方面規范了備案的操作要點。
《辦法》的核心內容是統一了優惠事項的管理方式，將所有的企業所得稅優惠事項，按優惠方式進行拆分歸并，歸納為55項，統一采取備案管理，各地不得改變管理方式，不得擅自變相審批。
《辦法》還放寬了企業所得稅優惠事項的享受時限，進一步精簡了備案資料，統一確定了留存備查資料。據統計，55項稅收優惠中，3項無需備案，28項只需填報1張備案表，進一步減輕了企業和基層稅務機關的辦稅負擔。
《辦法》具體規定如下:
第一條 為落實國務院簡政放權、放管結合、優化服務要求，規范企業所得稅優惠政策事項（以下簡稱優惠事項）辦理，根據《中華人民共和國企業所得稅法》及其實施條例（以下簡稱企業所得稅法）、《中華人民共和國稅收征收管理法》及其實施細則（以下簡稱稅收征管法）、《國家稅務總局關于發布〈稅收減免管理辦法〉的公告》（國家稅務總局公告2015年第43號）制定本辦法。
第二條 本辦法所稱稅收優惠，是指企業所得稅法規定的優惠事項，以及稅法授權國務院和民族自治地方制定的優惠事項。包括免稅收入、減計收入、加計扣除、加速折舊、所得減免、抵扣應納稅所得額、減低稅率、稅額抵免、民族自治地方分享部分減免等。
本辦法所稱企業，是指企業所得稅法規定的居民企業。
第三條 企業應當自行判斷其是否符合稅收優惠政策規定的條件。凡享受企業所得稅優惠的，應當按照本辦法規定向稅務機關履行備案手續，妥善保管留存備查資料。留存備查資料參見《企業所得稅優惠事項備案管理目錄》（以下簡稱《目錄》，見附件1）。
稅務總局編制并根據需要適時更新《目錄》。
第四條 本辦法所稱備案，是指企業向稅務機關報送《企業所得稅優惠事項備案表》（以下簡稱《備案表》，見附件2），并按照本辦法規定提交相關資料的行為。
第五條 本辦法所稱留存備查資料，是指與企業享受優惠事項有關的合同（協議）、證書、文件、會計賬冊等資料。具體按照《目錄》列示優惠事項對應的留存備查資料執行。
省、自治區、直轄市和計劃單列市國家稅務局、地方稅務局（以下簡稱省稅務機關）對《目錄》列示的部分優惠事項，可以根據本地區的實際情況，聯合補充規定其他留存備查資料。
第六條 企業對報送的備案資料、留存備查資料的真實性、合法性承擔法律責任。
第七條 企業應當不遲于年度匯算清繳納稅申報時備案。
第八條 企業享受定期減免稅，在享受優惠起始年度備案。在減免稅起止時間內，企業享受優惠政策條件無變化的，不再履行備案手續。企業享受其他優惠事項，應當每年履行備案手續。
企業同時享受多項稅收優惠，或者某項稅收優惠需要分不同項目核算的，應當分別備案。主要包括：研發費用加計扣除、所得減免項目，以及購置用于環境保護、節能節水、安全生產等專用設備投資抵免稅額等優惠事項。
定期減免稅事項，按照《目錄》優惠事項“政策概述”中列示的“定期減免稅”執行。
第九條 定期減免稅優惠事項備案后有效年度內，企業減免稅條件發生變化的，按照以下情況處理：
（一）仍然符合優惠事項規定，但備案內容需要變更的，企業在變化之日起15日內，向稅務機關辦理變更備案手續。
（二）不再符合稅法有關規定的，企業應當主動停止享受稅收優惠。
第十條 企業應當真實、完整填報《備案表》，對需要附送相關紙質資料的，應當一并報送。稅務機關對紙質資料進行形式審核后原件退還企業，復印件稅務機關留存。
企業享受小型微利企業所得稅優惠政策、固定資產加速折舊（含一次性扣除）政策，通過填寫納稅申報表相關欄次履行備案手續。
第十一條 企業可以到稅務機關備案，也可以采取網絡方式備案。按照本辦法規定需要附送相關紙質資料的企業，應當到稅務機關備案。
備案實施方式，由省稅務機關確定。
第十二條 稅務機關受理備案時，審核《備案表》內容填寫是否完整，附送資料是否齊全。具體按照以下情況處理：
（一）《備案表》符合規定形式，填報內容完整，附送資料齊全的，稅務機關應當受理，在《備案表》中標注受理意見，注明日期，加蓋專用印章。
（二）《備案表》不符合規定形式，或者填報內容不完整，或者附送資料不齊全的，稅務機關應當一次性告知企業補充更正。企業對《備案表》及附送資料補充更正后符合規定的，稅務機關應及時受理備案。
對于到稅務機關備案的，稅務機關應當場告知受理意見。對于網絡方式備案的，稅務機關收到電子備案信息起2個工作日內告知受理意見。
第十三條 對于不符合稅收優惠政策條件的優惠事項，企業已經申報享受稅收優惠的，應當予以調整。
第十四條 跨地區（省、自治區、直轄市和計劃單列市）經營匯總納稅企業（以下簡稱匯總納稅企業）的優惠事項，按以下情況辦理：
（一）分支機構享受所得減免、研發費用加計扣除、安置殘疾人員、促進就業、部分區域性稅收優惠（西部大開發、經濟特區、上海浦東新區、深圳前海、廣東橫琴、福建平潭），以及購置環境保護、節能節水、安全生產等專用設備投資抵免稅額優惠，由二級分支機構向其主管稅務機關備案。其他優惠事項由總機構統一備案。
（二）總機構應當匯總所屬二級分支機構已備案優惠事項，填寫《匯總納稅企業分支機構已備案優惠事項清單》（見附件3），隨同企業所得稅年度納稅申報表一并報送其主管稅務機關。
同一省、自治區、直轄市和計劃單列市內跨地區經營的匯總納稅企業優惠事項的備案管理，由省稅務機關確定。
第十五條 企業應當按照稅務機關要求限期提供留存備查資料，以證明其符合稅收優惠政策條件。
企業不能提供留存備查資料，或者留存備查資料與實際生產經營情況、財務核算、相關技術領域、產業、目錄、資格證書等不符，不能證明企業符合稅收優惠政策條件的，稅務機關追繳其已享受的減免稅，并按照稅收征管法規定處理。
企業留存備查資料的保存期限為享受優惠事項后10年。稅法規定與會計處理存在差異的優惠事項，保存期限為該優惠事項有效期結束后10年。
第十六條 企業已經享受稅收優惠但未按照規定備案的，企業發現后，應當及時補辦備案手續，同時提交《目錄》列示優惠事項對應的留存備查資料。稅務機關發現后，應當責令企業限期備案，并提交《目錄》列示優惠事項對應的留存備查資料。
第十七條 稅務機關應當嚴格按照本辦法規定管理優惠事項，嚴禁擅自改變稅收優惠管理方式，不得以任何理由變相實施行政審批。同時，要全方位做好對企業稅收優惠備案的服務工作。
第十八條 稅務機關發現企業預繳申報享受某項稅收優惠存在疑點的，應當進行風險提示。必要時，可以要求企業提前履行備案手續或者進行核查。
第十九條 稅務機關應當采取稅收風險管理、稽查、納稅評估等后續管理方式，對企業享受稅收優惠情況進行核查。
第二十條 稅務機關后續管理中，發現企業已享受的稅收優惠不符合稅法規定條件的，應當責令其停止享受優惠，追繳稅款及滯納金。屬于弄虛作假的，按照稅收征管法有關規定處理。
第二十一條 本辦法施行前已經履行審批、審核或者備案程序的定期減免稅，不再重新備案。
第二十二條 本辦法適用于2015年及以后年度企業所得稅優惠政策事項辦理工作。